冷却塔的节能运行关键在于合理设定风机启停温度。潍坊市科林环保设备有限公司建议将风机启动温度设为高于设定值两摄氏度，停止温度设为低于设定值两摄氏度。例如设定出水温度为三十二摄氏度，则风机在三十四摄氏度启动，三十摄氏度停止。这样避免风机频繁启停。
多台冷却塔并联运行时采用轮换控制。潍坊市科林环保设备有限公司将各塔风机按顺序启停，先运行的塔达到停止温度后停止，切换到下一台塔运行。轮换控制使各台塔运行时间均衡，避免某台塔长期运行而其他塔闲置。轮换周期一般设为二十四小时。
利用夜间电价低谷时段加强散热。潍坊市科林环保设备有限公司在实行峰谷电价的地区，可将冷却塔的出水温度设定值在夜间适当降低。夜间气温低、散热条件好，风机运行时间短。降低出水温度后白天可以减少风机运行，将部分电费从峰时转移到谷时。
